গত ৪ জুলাই শেখ হাসিনার পদত্যাগের একদফা দাবিতে ছাত্র-জনতার আন্দোলন চলাকালে বিকেল সাড়ে ৩টার সময় ফরিদ শেখ যাত্রাবাড়ী ফ্লাইওভারের টোলপ্লাজার দক্ষিণ পার্শ্বের রাস্তা দিয়ে তার ফলের দোকানে যাচ্ছিলেন।

শেখ হাসিনার নির্দেশে গণহত্যা চালানোর সময় পুলিশের গুলির আঘাতে মারাত্মক জখম হয়ে রাস্তায় লুটিয়ে পড়েন তিনি। আশপাশের লোকজন জীবনের ঝুঁকি নিয়ে ফরিদ শেখকে মুগদা মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতালে চিকিৎসার জন্য নিয়ে যান। গুলি ফরিদ শেখের পাকস্থলীর ডান পাশে লেগে বাম পাশ দিয়ে বেরিয়ে যায়। চিকিৎসাধীন অবস্থায় মুগদা হাসপাতালে ফরিদ শেখ গত ৬ আগস্ট বেলা ১১টা ৪৫ মিনিটের দিকে মৃত্যুবরণ করেন বলে মামলার অভিযোগে উল্লেখ করা হয়েছে।