মামলার আবেদনে আসামিদের বিরুদ্ধে বেআইনিভাবে অস্ত্র ব্যবহার, অপহরণ, অপহরণের পরে লাশ গুম, মারাত্মক জখম, হত্যার চেষ্টা ও হত্যার অভিযোগ আনা হয়েছে।
মামলার উল্লেখযোগ্য অন্য আসামিরা হলেন সাবেক স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী আসাদুজ্জামান খান কামাল, সাবেক প্রধানমন্ত্রীর উপদেষ্টা সালমান এফ রহমান, প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের সামরিক উপদেষ্টা তারেক সিদ্দিকী, ঢাকা দক্ষিণ সিটি করপোরেশনের মেয়র ফজলে নূর তাপস, সাবেক সংসদ সদস্য রাশেদ খান মেনন, হাসানুল হক ইনু, আওয়ামী লীগের যুগ্ম মহাসচিব মাহবুব উল আলম হানিফ, জাহাঙ্গীর কবির নানক, সাবেক আইজিপি বেনজীর আহমেদ, হাসান মাহাবুব খন্দকার, র্যাবের সাবেক প্রধান এ কে এম শহিদুল হক, এনএসআইয়ের সাবেক প্রধান জিয়াউল হাসান, মতিঝিল বিভাগের সাবেক ডিসি বিপ্লব কুমার সরকার, মতিঝিল থানার সাবেক ওসি ওমর ফারুক, ১০ নম্বর ওয়ার্ডের সাবেক কাউন্সিলর মুনসুর আহমেদ, তৎকালীন মতিঝিল থানার ছাত্রলীগ সভাপতি মাহাবুবুল হক হিরন, সাধারণ সম্পাদক ইমরান, আওয়ামী লীগ নেত্রী মমতাজ পারভীন, মতিঝিল থানার সাবেক ওসি ফরমান আলী, ন্যাশনাল পিপলস পার্টির চেয়ারম্যান সালাউদ্দিন সালু, মতিঝিলের সাবেক ডিসি নাজমুল আলম, হামদাদ গ্রুপের অবসরপ্রাপ্ত ডাইরেক্টর মেজর ইকবাল ও আশরাফুজ্জামান।
মামলায় বাদী উল্লেখ করেন আওয়ামী লীগ সরকারের ছত্রচ্ছায়ায় ব্লগাররা ধর্মীয় অবমাননা ও হজরত মুহাম্মদ (স.) সম্পর্কে কটূক্তি এবং বাজে লেখালেখি করার প্রতিবাদে হেফাজতে ইসলাম ১৩ দফা দাবি সরকারের কাছে দেয়। সরকার দাবি না মানায় ২০১৩ সালে ৫ মে মতিঝিল শাপলা চত্বরে রাস্তায় অবস্থান নেয় হেফাজত। ওই দিন রাত ১১টা থেকে পরের দিন বেলা ১১টা পর্যন্ত রাস্তা ও বিদ্যুৎ লাইন বন্ধ করে শেখ হাসিনার মদদে, আসামিদের যোগসাজশে অন্য আসামিরা এজাহারে বর্ণিত পুলিশ ও আর্মি সদস্যরা মিলে নিরীহ মাদ্রাসাছাত্র ও পথচারীদের ওপর গণহত্যা চালায়। তাদের হত্যা করে লাশগুলো সিটি করপোরেশনের গাড়িতে নিয়ে অজ্ঞাত স্থানে গুম করে।
বাদী আরও উল্লেখ করেন, এ সময় বহু মাদ্রাসাছাত্র হত্যাকাণ্ডের শিকার হন। অসংখ্য হেফাজত কর্মী আহত হন। তাঁদের অভিভাবকেরা সংশ্লিষ্ট থানায় মামলা ও সাধারণ ডায়েরি করতে গেলে থানা কর্তৃপক্ষ কোনো মামলা নেয়নি। একজন রাজনীতিবিদ তিন হাজার থেকে সাড়ে তিন হাজার মানুষকে নির্বিচার গণহত্যার কারণে আদালতে মামলাটি এনেছেন।
তবে মামলায় নিহতদের কোনো তালিকা দেওয়া হয়নি। এমনকি ওই ঘটনায় নিহত হয়েছেন এমন একজনেরও নাম–ঠিকানাও মামলায় উল্লেখ করা হয়নি।
এ নিয়ে শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে ১১টি মামলা হয়েছে, যার মধ্যে ৮টি হত্যা, একটি অপহরণ এবং দুটি মানবতাবিরোধী অপরাধ ও গণহত্যার অভিযোগ রয়েছে। গত ৫ আগস্ট ছাত্র-জনতার গণঅভ্যুত্থানের মুখে পদত্যাগ করে দেশ ছেড়ে পালিয়ে যান শেখ হাসিনা।